Одним из основных направлений деятельности музея является благотворительность: «Дом сказок» регулярно организует благотворительные экскурсии для детей-сирот и детей с ограниченными возможностями. Творческим коллективом музея «Дом сказок» совместно с консультантами Института коррекционной педагогики Российской академии образования, а также при помощи материальной поддержки средств грантов Благотворительного фонда «United Way Moscow» разработаны специальные программы «Прикосновение к сказке» и «Сказки из бабушкиного сундука», которые адаптированы для маленьких детей с патологией зрения.

Арт-терапевтические представления «Целительная сила сказок» и «Сказкотерапия как средство социальной адаптации в семьях с детьми-инвалидами» разработаны совместно с психологами для детских психиатрических больниц и детей с ограниченными возможностями, с привлечением денежных средств грантов Комитета общественных связей Правительства Москвы, специально для мальчиков и девочек с нарушением психического и умственного развития. «Дом сказок» занимается проведением благотворительных мероприятий для малышей из социально незащищенных семей, детей-сирот и инвалидов, а также для детских садов и интернатов, которые посещают слабовидящие дети. С самого начала основания музея в «Доме сказок «Жили-были» действует специальная благотворительная программа «Сказка в больнице», которая предполагает посещение творческим коллективом малышей в детских больницах и интернатов.